La reciente remodelación ha hecho que parte de los fondos se encuentren ahora en la cercana iglesia Corazón de María. Fue creado en 1922 en pleno furor económico (al igual que el Museo de Bellas Artes) y con ánimo de importar referencias artíaticas a la villa y con una clara intencionalidad didáctica. Los fondos recoge reproducciones de las más imprtantes obras de escultura y arquitectura de la historía del arte. No son simples copias sino calcos obtenidos de las originales. Ciertamente muy interesante y desconocido incluso para los lugareños. Hay que hacer notar que se encuentra en uno de los barrios más deprimidos de la ciudad.
Creado en 1908 por iniciativa del ayuntamiento y la diputación, fue la aportación de la burguesia bilbaina (enriquecida durante la Primera Guerra Mundial) la que le dio el espaldarazo definitivo y lleno las paredes de obras. La última reforma se realizó en 2002 y se constituyó como uno de los museo municipales más interesenates y ricos del país. La colección de arte moderno es muy interesante (Chillida, Oteiza, Saura,Miró, Iglesias....)muchas de estas obras son cesiones temporales de ciudadanos u organismos de la villa
Sin duda, impacta su presencia sobre la ria. Aunque las exposiciones que acoge su interior no pueden superar la propia construcción del museo.
Un museo marítimo al uso donde lo más interesante es la posibilidad de visitar los diques secos donde nos esperan barcos ejemplares de la historia de la ría. La llamativa grua "Carola" custodia las puertas del museo. Llamada así por los cargeros en homenaje a una compañera de trabajo "que podía con todo, lo levantaba todo".
El edificio se organiza en torno a un patio central donde se haya la figura más destacada del museo: el "Mikeldi" una representación animal en piedra de la época precristiana. En las tres plantas del complejo se pueden visitar desde restos arqueológicos y prehistóricos hasta paneles explicativos de los distintos oficios y formas de vida de Euskadi. No es una maravilla de museo pero nso puede ayudar a hacernos una idea de los usos y costumbres del país.